Am 22.7.1790 wurde Andreas Hofer gewählter Abgeordneter des Passeiertals am offenen Landtag zu Innsbruck. Weiterhin wurde er Mitglied der Passeier Schützenkompanie. 1796/97 führte er im 1. Koalitionskrieg die Passeirer Schützen gegen die Franzosen. 1805 fiel mit dem Frieden von Preßburg Tirol an Bayern. Hofer organisierte den Widerstandes gegen die bayrische Besetzung Tirols für das Vintschgau und das Passeiertal.
In 1809 wurde Hofer mit der Organisation des Volksaufstandes in Tirol gegen Napoleon von Erzherzog Johann betraut. Hofer siegte im April 1809 über bayrische Truppen bei Sterzing, anschließend fand die erste Berg-Isel-Schlacht unter Joachim Speckbacher und Martin Theimer statt, bei der Innsbruck erstmals befreit wurde.
Innsbruck wurde jedoch kurz darauf erneut von den Franzosen besetzt. Im Mai 1809 wurde Innsbruck in der zweiten Berg-Isel-Schlacht unter Führung Andreas Hofers zurückerobert. In Folge dessen zogen sich die Franzosen und Bayern für kurze Zeit aus Südtirol zurück. Andreas Hofer wurde Oberkommandant von Tirol und griff das inzwischen seit Ende Juli wieder von Franzosen und Bayern besetzte Innsbruck in einer dritten Schlacht am Berg-Isel an. Anschließend zog Hofer als Oberkommandierender in die Hofburg zu Innsbruck ein.
Der unglückliche Verlauf des Kriegs in Spanien, die Erhebung Tirols unter Andreas Hofer, die Aufstandsversuche in Deutschland und das Attentat von Staps (12. Oktober) hätten Napoleon auf die erwachenden nationalen Kräfte aufmerksam machen könne.
Österreich wurde im Oktober 1809 im Frieden von Schönbrunn gezwungen, Tirol erneut an Bayern abzutreten, doch der Widerstand der Tiroler gegen Napoleon war ungebrochen. Am ersten November fand die vierte Bergiselschlacht statt, bei der die Tiroler unter der Führung Andreas Hofers unterlagen. Hofer musste sich unterwerfen, widerrief jedoch seine Erklärung nach wenigen Tagen.
Hofer floh mit seiner Frau Anna, seinem Sohn und seinem Freund Kajetan Sweth auf die Pfaundleralm. Das Versteck wurde verraten und Hofer daraufhin am 28.1.1810 zusammen mit seinen Begleitern verhaftet, nach Mantua gebracht und am 19.2.1810 zum Tode durch Erschießen in Mantua verurteilt. Er wurde auf dem Friedhof der Kirche San Michelle in Mantua bestattet. 1823 öffneten österreichische Patrioten das Grab, exhumierten den Leichnam und brachten ihn nach Südtirol zurück. Seine Gebeine wurden nach Innsbruck überführt und in der Hofkirche bestattet.
Der Kirchenstaat wurde 1809 mit dem Kaiserreich vereinigt und der dagegen protestierende Papst nach Frankreich abgeführt. Nachdem 1810 auch Holland und die deutschen Nordseeküsten einverleibt worden waren, erstreckte sich das Kaiserreich bis zur Ostsee und den Ionischen Inseln, umfasste 130 Departements, und, die Vasallenstaaten eingerechnet, verfügte Napoleon über 100 Millionen Menschen.
