Im April 1789 wurde Napoleon Zeuge der ersten Unruhen und versuchte mit seiner Kompanie die Ordnung aufrechtzuerhalten. Im August meuterte sein Regiment und Napoleon hoffte in den revolutionären Unruhen den Verlust der königlichen Macht auf Korsika ausnutzen zu können. Er reiste zurück nach Ajaccio um seine Ideen für ein souveränes Korsika umsetzen zu können. Die Hoffnung wurde jäh zerstört, denn der alte Widersacher Paoli hatte nicht den Wechsel der Familie Buanaparte auf die Seite der Franzosen nach der Annexion vergessen. Nach 21 Jahren kehrte Páoli aus dem Londoner Exil zurück und wurde zum obersten Befehlshaber der Nationalgarde und Präsidenten der Departementverwaltung ernannt.
Im Februar kehrte Napoleon zu seinem Regiment zurück. Als Oberleutnant trat er dem Jakobinerclub bei und wurde zu einem Verfechter der republikanischen Lösung für Frankreich. Im September 1791 kehrte er wieder nach Korsika zurück. Eigentlich hätte er sich im Januar 1792 bei seinem Regiment zurückmelden müssen. Aufgrund seines Fehlens wurde er aus der Stammrolle der Armee gestrichen. Dies ermöglichte ihm, sich einem der Freiwilligen-Batallione auf Korsika anschließen zu können. 
Schon hier zeigte sich, dass der Krieger Napoleone nur bedingt Befehle ausführen konnte. So zog er sich bald den Unmut der korsischen Führungsmänner zu. Napoleone erkannte seine Situation und beschloss nach Paris zurückzukehren. Am 16. Juli 1792 wurde er wieder in die Armee aufgenommen. Ihn ihm kämpfte immer noch die korsische gegen die französische Seele. Wieder verließ er sein Regiment und kehrte abermals nach Korsika zurück. Mit dem Rang als Oberstleutnant diente er wieder der korsischen Sache. Auch diesmal machte ihm die alte Fehde zwischen Páoli und seiner Familie einen Strich durch die Rechnung.
Sein Bruder Lucien brachte die Jakobiner von Toulon gegen Paoli auf, was einen Haftbefehl gegen den korsischen Führer nach sich zog. Dies brachte wiederum die Bevölkerung von Ajaccio gegen die Familie Buonaparte auf. Ihr Haus wurde verwüstet und sie mussten auf das französische Festland flüchten. Von diesem Zeitpunkt an war die Familie Buonaparte endgültig auf der Seite Frankreichs.
Im September wurde er aus der Liste der aktiven Generäle gestrichen. Zu Napoleons Glück traf er in Paris Kommissar Barras wieder. Barras war an der Ausarbeitung der neuen Verfassung beteiligt. Diese sah ein direktorales Regime vor und sollte Royalisten und Jakobiner von der Macht fernhalten. Der Konvent war daraufhin in Paris nicht mehr sicher. Die Royalisten versuchten Teile der Stadtbevölkerung aufzuwiegeln und Barras wurde vom Konvent der Oberbefehl über die Armee des Inneren anvertraut. Barras war Zivilist und nahm die Hilfe mehrere Generäle an. Darunter befand sich auch Napoleone und am 5. Oktober rette er den Konvent vor den aufständischen Royalisten. Unter dem Kommando von Napoleon stand auch Joachim Murat.
